Sütteki tüm besin maddelerini içerdiği için kefir beslenme değeri yüksek bir besindir. Mikroorganizmaların etkisi ile laktoz ve proteinlerdeki değişimler, kefirin hazmını kolaylaştırır. Ayrıca bu maddeler serinletici, iştah açıcı bir özelliğin, sevilen bir tat ve aromanın oluşmasına neden olurlar. Kefirdeki laktoz oranı azaldığı için laktoza duyarlı kişiler kefiri rahatlıkla içebilirler. Kefirdeki CO² sindirimi kolaylaştırır.Başta B12 olmak üzere bazı B grubu vitaminleri sentezlerler. Kefirde oluşan süt asidinin %90’dan fazlasının L(+) süt asidini olduğu bildirilmiştir. L(+) süt asidinin kolayca hazmedebilme özeliği bulunmaktadır. Kefirin bazı rahatsızlıkları ve hastalıkları iyileştirdiği bir çok literatürde yer almıştır. Kefirde oluşan asetik asit, H2O2 gibi anti bakteriyel maddeler ile antibiyotikler E. Coli ve Salmonella gibi patojen bakterilere anti bakteriyel etki yapmaktadır. Ayrıca kefir mide, pankreas gibi bazı organların salgılarını da arttırmaktadır. Asetik asit bakterileri bağırsaktaki bakterilere karşı anti bakteriyel etki göstermektedir. Bu nedenlerle kefir bazı rahatsızlıkları iyileştirmektedir. Yapılan çalışmalar bu süt ürününün sinirsel rahatsızlıklar, iştahsızlık ve uykusuzluk için iyi bir ilaç olduğunu göstermiştir. Ayrıca halk arasında kefirin yüksek tansiyon, bronşit, safra rahatsızlıklarını iyileştirdiği bilinmektedir.Klupsch (1984), düzenli olarak günde en az 500 ml 6 ay tüketildiği zaman kefirin organizma üzerine stabilize edici, gençleştirici bir etkiye sahip olduğunu; yaşlıların sağlığı üzerine çok yaralı etki yaptığını bildirmiştir. Ayrıca karaciğer, safra, böbrek, kan dolaşımı, kalp faaliyeti metabolizma, beyinde kan dolaşımı üzerine olumlu etki yaptığı, kireçlenmeyi önlediğini belirten bilgilerin bulunduğunu açıklamıştır. Bazı bilim adamları kefiri 80 yaşın üzerinde yaşamın anahtarı olarak görmektedirler. Birçok yayında kefirle tedavi edilen hastalıklar ve tedavi süresi ile ilgili bazı bilgiler mevcuttur. Fakat bu konularda yapılmış bilimsel araştırma sonuçları yetersizdir.